Efficient abstraction and execution of stochastic simulation models
Köster, Till
1993-
VerfasserIn
aut
Uhrmacher, Adelinde
1961-
AkademischeR BetreuerIn
dgs
Pellegrini, Alessandro
AkademischeR BetreuerIn
dgs
Burrage, Kevin
AkademischeR BetreuerIn
dgs
Universität Rostock
Grad-verleihende Institution
dgg
Universität Rostock
Fakultät für Informatik und Elektrotechnik
Grad-verleihende Institution
dgg
text
theses
Text
Hochschulschrift
gw
2024
monographic
XA-DE
Rostock
Universität Rostock
publisher
June 30th 2024
Rostock
Universitätsbibliothek Rostock
distributor
eng
ger
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1 Online-Ressource (187 Seiten) Illustrationen, Diagramme
Stochasticity is found throughout cell-biological models when describing phenomena such as diffusion and the resulting random interactions of entities. This thesis is concerned with the efficient execution of these models. We cover the fundamentals of modeling from the bottom up. Reaction systems are a main topic, particularly those that use Stochastic Simulation Algorithms. We discuss efficient variations of these algorithms, including their parallel execution. Furthermore, the limitations of static reaction systems will be overcome by introducing dynamic compartmentalization.<eng>
Zellbiologische Modelle verwenden häufig stochastische Prozesse, um zum Beispiel Phänomene wie Diffusion und das daraus folgende zufällige Interagieren von Partikeln darzustellen. In dieser Arbeit behandeln wir die effiziente Beschreibung und Ausführung dieser Modelle. Insbesondere beschäftigen uns Reaktionssysteme, die von den Gillespie-Algorithmen simuliert werden. Wir beschäftigen uns hier mit effizienten Varianten dieser Algorithmen, einschließlich ihrer parallelen Ausführung auf CPUs und Grafikkarten.<ger>
Open Access
Urheberrechtsschutz 1.0
vorgelegt von Till Köster
Enthält Zeitschriftenartikel
GutachterInnen: Adelinde Uhrmacher (Universität Rostock, Institut Visual and Analytic Computing) ; Alessandro Pellegrini (University of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)) ; Kevin Burrage (Queensland University of Technology, School of Mathematical Sciences)
Dissertation Universität Rostock 2024 Kumulative Dissertation
004
004.2
004
https://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00005121
https://doi.org/10.18453/rosdok_id00005121
https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00005121-6
https://d-nb.info/1391763645/34
Efficient abstraction and execution of stochastic simulation models
Rostock : Universität Rostock, 2024
Druck-Ausgabe
(DE-627)1961596601
Köster, Till, 1993 -
urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00005121-6
10.18453/rosdok_id00005121
1573661800
rda
DE-627
260218
1961594714
20260409T061230.0
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(Revision 1.174 20250328)
ger